SMP Negeri 3 Salatiga yang berlokasi di Jl. Stadion No. 4, berasal dari SMEP Negeri Salatiga. SMEP Negeri Salatiga didirikan pada tanggal 1 Agustus 1954 dengan kepala sekolah pertama Bp. Soedjas ( Alm ). SMEP Negeri Salatiga sejak mulai berdiri sampai akhir tahun 1972 tempatnya selalu berpindah – pindah, terakhir di SPG Negeri Salatiga Jl Kartini.
Pada Tahun 1972 Bp. D Sucipto, BA Kepala Sekolah Kedua mendapatkan surat kawat dari Kanwil Depdikbud Semarang yang isinya SMEP Negeri Salatiga diminta untuk pindah dari SPGN Salatiga. Karena SMEP belum mempunyai lokasi sendiri, Bp. D Sucipto, BA ( Alm ) menghadap Walikota Salatiga untuk memohon disediakan lahan tanah. Permintaan tersebut dikabulkan dengan diberi tanah di sebelah barat kampung Kridanggo. Walikota memerintahkan untuk segera membangun sekolahan di lokasi tersebut.
Dana pembangunan diperoleh dari Kabag Ekonomi Kanwil dan dari dana POM ( Persatuan Orangtua Murid ) yang sekarang dikenal dengan istilah Komite Sekolah berujud kayu. Sehingga jumlah lokal yang tadinya hanya 6 lokal bertambah menjadi 8 lokal. Masing – masing 1 kantor, 1 ruang guru dan 6 kelas. Sesudah bangunan di Kridanggo jadi, maka sejak tanggal 1 April 1973 SMEP Negeri pindah ke gedung sendiri yaitu di Jalan Kridanggo ( sekarang Jalan Stadion ). Karena ruang saat itu belum mencukupi maka siswa masuk pagi dan siang.
Pada pertengahan tahun ajaran 1979/1980 SMEP Negeri Salatiga dirubah menjadi SMP Negeri 3 Salatiga
Kepala Sekolah SMEP ~ SMP Negeri 3 Salatiga dari masa ke masa:
1960 ~ 1969
Bpk. Soedjas
1960 ~ 1969
1969 ~ 1974
D Soetjipto, BA
1969 ~ 1974
1974 ~ 1989
R Soehardi, BA
1974 ~ 1989
1989 ~ 1991
Ibu. Ani Sri Suratni
1989 ~ 1991
1991 ~ 1994
Wardoyo
1991 ~ 1994
1994 ~ 2000
Siswanto, BA
1994 ~ 2000
2000 ~ 2003
Sri Maryati
2000 ~ 2003
2003 ~ 2007
Purwadi Antoro, S.Pd
2003 ~ 2007
2007 ~ 2009
Arief Haryanto, S.Pd
2007 ~ 2009
2009 ~ 2015
Drs. Bambang Subiyakto, M.Pd
2009 ~ 2015
Suyudi, M.Pd
2015 s/d 2020
Ngadiman, M.Or.
2020 s/d 2022
Wartono, S.Pd., M.Pd. Sampai Mei 2022
Dra. Anna Maria Andharini, M.Pd. (Plt. Juni 2022-Januari 2023)
Widodo, S.S., M.Pd. (Plt. Februari-Juni 2023)
Tiyono, S.Pd., M.Si. Juni 2023 sampai sekarang.,