SMP Negeri 3 Salatiga yang berlokasi di Jl. Stadion No. 4 dulunya berasal dari SMEP Negeri Salatiga, SMEP Negeri Salatiga didirikan pada tanggal 1 Agustus 1954 dengan kepala sekolah pertama Bp Soedjas ( Alm ). SMEP Negeri Salatiga mulai berdiri sampai akhir tahun 1972 tempatnya selalu berpindah – pindah, terakhir di SPG Negeri Salatiga Jl Kartini.

Pada Tahun 1972 Bp. D Sucipto, BA Kepala Sekolah II mendapatkan surat kawat dari Kanwil Semarang yang isinya SMEP Negeri Salatiga diminta untuk pindah dari SPGN Salatiga. Karena SMEP belum mempunyai lokasi sendiri akhrinya Bp. D Sucipto, BA ( Alm ) menghadap Walikota Salatiga untuk minta disediakan lahan tanah, permintaan tersebut dikabulkan dengan diberi tanah di sebelah barat kampung Kridanggo dan juga Walikota memerintahkan untuk segera membangun sekolahan di lokasi tersebut.

Dana pembangunan diperoleh dari Kabag Ekonomi Kanwil dan dari dana POM ( Persatuan Orangtua Murid ) yang sekarang dikenal dengan istilah Komite Sekolah berujud kayu. Sehingga jumlah lokal yang tadinya hanya 6 lokal bertambah menjadi 8 lokal. Masing – masing 1 kantor, 1 ruang guru dan 6 kelas. Seseudah bangunan di Kridanggo jadi maka sejak tanggal 1 April 1973 SMEP Negeri pindah ke gedung sendiri yaitu di Jalan Kridanggo ( sekarang Jalan Stadion ). Karena ruang saat itu belum mencukupi maka siswa masuk pagi dan siang.

Pada pertengahan tahun 1979/1980 SMEP Negeri Salatiga integrasi menjadi SMP Negeri 3 Salatiga

Personil Kepala Sekolah SMEP ~ SMP Negeri 3 Salatiga :

1960 ~ 1969

Bpk. Soedjas

1960 ~ 1969

1969 ~ 1974

D Soetjipto, BA

1969 ~ 1974

1974 ~ 1989

R Soehardi, BA

1974 ~ 1989

1989 ~ 1991

Ibu. Ani Sri Suratni

1989 ~ 1991

1991 ~ 1994

Wardoyo

1991 ~ 1994

1994 ~ 2000

Siswanto, BA

1994 ~ 2000

2000 ~ 2003

Sri Maryati

2000 ~ 2003

2003 ~ 2007

Purwadi Antoro, S.Pd

2003 ~ 2007

2007 ~ 2009

Arief Haryanto, S.Pd

2007 ~ 2009

2009 ~ 2015

Drs. Bambang Subiyakto, M.Pd

2009 ~ 2015

Suyudi, M.Pd

2015 s/d 2020

Ngadiman, M.Or.

2020 s/d 2022

Wartono, S.Pd., M.Pd.

2022