Kegiatan pembiasaan kerohanian WAYANG “ Wayahe Sembahyang “ di SMP Negeri 3 Salatiga dengan melaksanakan salat Dhuha berjamaah bagi siswa yang beragama Islam dan ibadah pagi bagi siswa yang beragama non muslim. Kegiatan ini rutin dilaksanakan setiap hari Selasa dan Rabu. Tujuan dari pembiasaan ini adalah meningkatkan pemahaman siswa terhadap agama sehingga mampu mengembangkan dirinya sejalan dengan norma-norma agama dan mampu mengamalkannya dalam ilmu pengetahuan, teknologi, dan budaya di masyarakat.

Pembiasaan salat Dhuha dan ibadah pagi dilakukan sebelum pelajaran dimulai yaitu pada pukul 07.00 WIB dan berakhir pada pukul 07.20 WIB. Kegiatan salat Dhuha diikuti oleh seluruh siswa yang beragama Islam di lapangan voli SMP Negeri 3 Salatiga dengan pendampingan dari bapak dan ibu guru yang beragama Islam.

Kegiatan ibadah pagi bagi siswa siswi yang beragama non muslim yang dilaksanakan di ruang agama berlangsung khidmat dan penuh dengan sukacita, dengan pendampingan bapak dan ibu guru yang beragama non muslim.
Penerapan pembiasaan kerohanian yang rutin dilakukan di sekolah sebelum pelajaran dimulai ini bertujuan membentuk siswa yang berfikir positif, kreatif, dan disiplin.